epicme эпигеном · цитозин · метилирование
Contribute · epicme.bio

Загрузите свои данные для обработки и
структурированного глубокого анализа epiCme

Пришлите сырые прогоны Oxford Nanopore или уже обработанные профили метилирования CD55 — мы прогоним их через наш пайплайн epiCme и сопоставим с картой промотора, транскрипционными факторами и профилями on/off, уже собранными на этом сайте.

Демо-версия интерфейса. Реальная загрузка файлов пока не подключена — сырые Nanopore-раны обычно весят десятки–сотни ГБ, что не передать надёжно через браузер. После заполнения формы вы получите демонстрационный ID заявки и инструкции по безопасной передаче файлов (Globus / SFTP / защищённая ссылка).

1. Выберите тип данных

Форма ниже подстроится под выбранный тип.

Сырые данные

Сырые данные Oxford Nanopore

POD5 / FAST5 / FASTQ (+ опционально BAM). Мы прогоним их через пайплайн epiCme — базовое вызывание и вызов CpG-метилирования на выбранном пороге достоверности.

.pod5.fast5.fastq.gz.bam
Обработанные данные

Уже обработанные данные метилирования

Готовые per-CpG таблицы метилирования (CSV/TSV, bedMethyl) — для прямого сравнения on/off клеток (отредактированные vs контроль) на общих координатах.

.csv.tsvbedMethyl

2. Заполните информацию о выборке

Поля отмеченные * обязательны.

Сырые данные Nanopore → epiCme

Прогоним через базовое вызывание и CpG-метилирование на выбранном пороге.

Платформа секвенирования
Перетащите файлы сюда или нажмите, чтобы выбрать
POD5, FAST5, FASTQ.GZ, BAM — любой размер (это демо, реальная передача не выполняется)
⚠ Файлы больше ~2 ГБ не передавайте через эту форму. После отправки заявки вы получите ID и адрес для передачи через Globus / SFTP / защищённую ссылку на файлообменник лаборатории.

Контактная информация

Демо: файлы никуда не передаются, только собираются метаданные заявки.

✓ Заявка принята (демо)

Ваш демонстрационный ID заявки: CD55-000000

В реальной версии сайта дальше произойдёт следующее:

  1. Вы получите письмо со ссылкой для безопасной передачи файлов (Globus / SFTP).
  2. Сырые Nanopore-данные будут прогнаны через пайплайн epiCme (базовое вызывание + CpG-метилирование).
  3. Обработанные данные будут сопоставлены с существующими профилями on/off и ChIP-seq треками по локусу CD55.
  4. Мы свяжемся с вами по указанному email с результатами анализа.
← Вернуться на главную