Две системы садятся почти на одну точку промотора CD55 и несут одинаковую начинку. Разница только в том, чем они находят мишень — и она видна в данных. Слева CRISPRoff, справа ZFPoff, всё в одном масштабе.
Измерено: координаты мишеней, перекрытие 14 из 20 п.н., профили метилирования по каждому CpG и футпринты по данным EM-seq того же донора: около 28 п.н. (+93…+120) у CRISPRoff и около 20 п.н. (+87…+106) у ZFPoff. Ожидаемые длины — из Pavletich & Pabo 1991, Nishimasu 2014 и Yang 2019. Размеры белков посчитаны из молекулярных масс, ДНК — из параметров B-формы. Модель: что именно причиной футпринта является размер белка. Мы показали корреляцию размера и защиты на двух системах, но не доказали причинность. И главное: данные ZFPoff получены на K562 в сравнении отсортированных фракций, а CRISPRoff — на T-клетках в сравнении с неотредактированными. Разные клетки и разные контрасты, поэтому сравнивать величины эффекта нельзя, сравнима только геометрия.