Здесь домены нарисованы не шариками, а вторичной структурой: спирали спиралями, листы стрелками, петли нитями. Состав и топология каждой укладки взяты из литературы. Это не экспериментальные координаты — в таблице внизу указаны PDB, где можно посмотреть настоящие.
Cas9 устроен как двулопастная клешня. Доля узнавания почти целиком спиральная, нуклеазная доля смешанная α/β и содержит оба каталитических центра — в dCas9 они выключены точечными мутациями. Между долями зажаты гибрид sgRNA с ДНК и вытесненная цепь.
Тяните, чтобы повернуть. Колесо — приблизить.
У каждой части свой узнаваемый тип складки, и по ней сразу видно назначение. Метилтрансферазная укладка построена вокруг центрального β-листа, который держит кофактор. BFP — классическая β-бочка с хромофором внутри. KRAB — всего две амфипатические спирали, минимум, которого хватает, чтобы зацепить KAP1.
Здесь единственная геометрия, взятая из реальных чисел: ДНК намотана на октамер в виде левозакрученной суперспирали радиусом около 42 Å, чуть меньше двух витков на 147 пар оснований. KAP1 показан длинной суперспиралью, HP1 — хромодоменом из трёх β-нитей с замыкающей спиралью.
Тип укладки и состав вторичной структуры для каждого белка, и запись в PDB, где лежит настоящая структура.
| Белок | Тип укладки | Что нарисовано | Настоящая структура |
|---|
Это схематические укладки, а не экспериментальные координаты. Верны тип складки, состав вторичной структуры и общая топология — сколько спиралей, сколько нитей в листе, как доли расположены друг относительно друга. Неверны точные положения атомов, длины отдельных элементов и конформации петель. Для реальной геометрии откройте PDB по ссылкам в таблице. Из настоящих чисел здесь только суперспираль нуклеосомной ДНК.