Три сцены, которые можно вращать мышкой. Первая — весь комплекс на ДНК и за что отвечает каждый домен. Вторая — что именно делает KRAB и как из одного маленького домена вырастает гетерохроматин. Третья — что запускает метка, которую поставил DNMT.
Один белок, четыре части, четыре разные работы. Покрутите сцену — видно, что домены сидят на гибких линкерах и болтаются вокруг dCas9, а не стоят в жёсткой геометрии.
Тяните мышкой или пальцем, чтобы повернуть. Колесо — приблизить.
KRAB не фермент и не связывает ДНК. Он делает ровно одно: держит KAP1. Всё остальное собирается уже на KAP1, и дальше запускается петля, которая сама себя поддерживает и расползается по хроматину.
Метилирование само по себе ничего не выключает. Оно работает через три последствия: мешает посадке части транскрипционных факторов, притягивает белки-читатели с деацетилазами и попадает в контур поддержания, который копирует его при каждом делении.
CTCF и NRF1 попали в эту сцену не случайно: это единственные два фактора из подтверждённых в K562 по ENCODE над нашим окном, для которых есть прямые экспериментальные данные, что метилирование мотива мешает их посадке. Оба лежат внутри значимого кластера CpG. Это остаётся гипотезой: ENCODE-данные сняты на несортированной популяции K562, а не на наших фракциях HIGH и LOW. Проверка — CUT&RUN по CTCF и NRF1 в отсортированных фракциях.