/* ============================================================
   epicme.bio — shared theme
   ------------------------------------------------------------
   One file, linked from every page:
     <link rel="stylesheet" href="assets/theme.css">

   Palette is Okabe–Ito, a colorblind-safe set (safe for
   protanopia, deuteranopia and tritanopia). Do not add ad-hoc
   hex colors elsewhere for data/category meaning — reuse these
   variables, and always pair color with a second cue (label,
   icon, line style, position) rather than color alone.
   See: https://jfly.uni-koeln.de/color/
   ============================================================ */

@import url('https://fonts.googleapis.com/css2?family=Space+Grotesk:wght@400;500;600;700&family=Source+Serif+4:opsz,wght@8..60,400;8..60,500;8..60,600&family=IBM+Plex+Mono:wght@400;500;600&family=Fraunces:opsz,wght@9..144,400;9..144,600;9..144,700&family=IBM+Plex+Sans:wght@400;500;600&display=swap');

:root{
  /* ---- neutrals (dark surface system) ---- */
  --bg:            #0B1310;
  --surface:       #111C18;
  --surface-2:     #16221D;
  --line:          #24352E;
  --ink:           #E9EEEA;
  --ink-dim:       #A9B8B0;
  --ink-faint:     #6E8079;

  /* ---- accessible accent palette (Okabe–Ito) ----
     use these for ANY chart, tag, diagram or comparison
     where color needs to carry meaning */
  --blue:          #56B4E9;   /* primary accent / CTA / "on", "unedited", "safe" state */
  --blue-deep:     #0072B2;   /* darker companion to --blue, e.g. gradients, hover */
  --blue-dim:      #56B4E933;
  --orange:        #E69F00;   /* secondary accent / caution / "off", "CRISPRoff", flagged state */
  --orange-dim:    #E69F0033;
  --yellow:        #F0E442;   /* tertiary accent / highlight / strong positive signal */
  --yellow-dim:    #F0E44233;

  /* ---- legacy aliases (kept so existing markup keeps working) ----
     teal -> blue, amber -> orange, crimson -> orange as well:
     we deliberately do not add a 4th ad-hoc hue for "danger" —
     use --orange plus an icon/label/pattern instead of a new red. */
  --teal:          var(--blue);
  --teal-dim:      var(--blue-deep);
  --amber:         var(--orange);
  --crimson:       var(--orange);


  /* ---- расширение палитры: три семейства данных ----
     Тон = что сделали с клетками, оттенок = какой день или фракция.
     Проверено симуляцией протанопии, дейтеранопии и тританопии
     (матрицы Виено + расстояние CIE Lab): среди семи цветов уровней
     минимальное попарное ΔE в худшем из трёх случаев = 12.0;
     Δ-трек одного дня отстоит от уровня другого дня на 31.9.
     Цвет нигде не работает в одиночку — семейство продублировано
     формой значка (круг / треугольник / квадрат), Δ-треки контуром,
     знак значения заливкой против контура.
     Внимание: не любая тройка из Okabe–Ito безопасна. Вермиллион
     #D55E00 и красно-фиолетовый #CC79A7 при протанопии дают ΔE 0.5.  */

  --green:        #009E73;   /* факторы, чувствительные к метилированию */
  --purple:       #CC79A7;   /* ZFPoff — «заглушено ZFPoff» */
  --green-dim:    #009E7333;
  --purple-dim:   #CC79A733;

  /* оттенки внутри уже разрешённых тонов: таймпоинт и фракция */
  --blue-pale:    #9BD4F2;   /* не редактировано, K562 mock, День 2 */
  --orange-deep:  #8E6000;   /* CRISPRoff, День 6 */
  --purple-deep:  #7B3F63;   /* ZFPoff, фракция CD55-LOW */

  /* приглушённые тинты для Δ-треков: тот же день, тот же тон */
  --orange-delta:      #E6C67F;   /* Δ CRISPRoff, День 35 */
  --orange-deep-delta: #8E794E;   /* Δ CRISPRoff, День 6 */
  --purple-delta:      #CCA7BB;   /* Δ ZFPoff */

  --ink-faintest: #4A5A54;   /* факторы вне значимого блока */

  --radius: 14px;
}

*{ box-sizing:border-box; }
html{ scroll-behavior:smooth; }
body{
  margin:0;
  background:var(--bg);
  color:var(--ink);
  font-family:'Source Serif 4', Georgia, serif;
  line-height:1.65;
  -webkit-font-smoothing:antialiased;
}
h1,h2,h3, .display, nav, button, .mono, .label{
  font-family:'Space Grotesk', sans-serif;
}
code, .data, .genotype, .rsid{
  font-family:'IBM Plex Mono', monospace;
}
a{ color:var(--blue); }
.wrap{ max-width:920px; margin:0 auto; padding:0 24px; }

@media (prefers-reduced-motion: reduce){
  *{ animation-duration:0.001ms !important; transition-duration:0.001ms !important; }
}
:focus-visible{ outline:2px solid var(--blue); outline-offset:2px; }

/* ---------- NAV (shared header, reuse on every page) ---------- */
header.nav{
  position:sticky; top:0; z-index:40;
  background:rgba(11,19,16,0.86);
  backdrop-filter:blur(10px);
  border-bottom:1px solid var(--line);
}
.nav-inner{
  max-width:920px; margin:0 auto; padding:14px 24px;
  display:flex; align-items:center; justify-content:space-between;
  gap:16px;
}
.brand{ display:flex; align-items:baseline; gap:10px; }
.brand-mark{
  font-weight:700; font-size:15px; letter-spacing:0.02em;
  color:var(--ink);
  border:1px solid var(--blue-deep);
  padding:3px 8px; border-radius:6px;
  background:linear-gradient(180deg, rgba(86,180,233,0.14), transparent);
}
.brand-sub{ font-size:12.5px; color:var(--ink-faint); letter-spacing:0.03em; }
.nav-links{ display:flex; gap:20px; font-size:13.5px; }
.nav-links a{ color:var(--ink-dim); text-decoration:none; }
.nav-links a:hover{ color:var(--blue); }
@media (max-width:640px){ .nav-links{ display:none; } }

/* ---------- Cross-page banner nav (links to Day 35 / Day 6 / future timepoints) ---------- */
.top-banner-link{
  position:fixed; top:0; left:0; width:100%; z-index:9999;
  display:flex;
  background:linear-gradient(90deg, var(--blue-deep), var(--blue));
  box-shadow:0 4px 14px rgba(0,0,0,0.25);
}
.top-banner-link a{
  flex:1; text-align:center; text-decoration:none;
  color:#06182A; font-weight:700; font-size:15px; padding:14px 12px;
  transition:background .15s ease;
}
.top-banner-link a:not(:last-child){ border-right:1px solid rgba(6,24,42,0.25); }
.top-banner-link a:hover{ background:rgba(255,255,255,0.12); }
body.has-top-banner{ padding-top:56px; }

/* ---------- Basic layout building blocks ---------- */
section{ padding:56px 0; border-top:1px solid var(--line); }
.kicker{
  font-size:12px; letter-spacing:0.12em; text-transform:uppercase;
  color:var(--ink-faint); font-weight:600; margin-bottom:10px;
}
h2{ font-size:clamp(24px,3.4vw,32px); font-weight:600; margin:0 0 18px; letter-spacing:-0.01em; }
p{ color:var(--ink-dim); margin:0 0 16px; font-size:16.5px; }
p strong{ color:var(--ink); font-weight:600; }
.lede{ font-size:18px; color:var(--ink); }

.grid2{ display:grid; grid-template-columns:1fr 1fr; gap:16px; }
@media (max-width:700px){ .grid2{ grid-template-columns:1fr; } }
.card{
  background:var(--surface); border:1px solid var(--line); border-radius:var(--radius);
  padding:20px;
}
.card h3{ font-size:16px; margin:0 0 8px; }
.card p{ font-size:14.5px; margin:0; }

/* Tags: only two accent hues (blue / orange) by design — never rely on
   the color alone, the tag's TEXT always names the category too. */
.tag{
  display:inline-block; font-size:11px; letter-spacing:0.05em; text-transform:uppercase;
  padding:3px 8px; border-radius:5px; margin-bottom:10px; font-weight:600;
}
.tag.teal, .tag.blue{ background:var(--blue-dim); color:var(--blue); }
.tag.amber, .tag.orange{ background:var(--orange-dim); color:var(--orange); }
.tag.crimson{ background:var(--orange-dim); color:var(--orange); border:1px solid var(--orange); } /* bordered = distinct from plain amber even in grayscale */

.domain-strip{ display:flex; gap:6px; margin:22px 0; flex-wrap:wrap; }
.domain{
  flex:1 1 90px; min-width:80px; background:var(--surface-2); border:1px solid var(--line);
  border-radius:9px; padding:12px 10px; text-align:center;
}
.domain .n{ font-family:'IBM Plex Mono',monospace; font-size:12px; color:var(--blue); }
.domain .t{ font-size:12.5px; color:var(--ink-dim); margin-top:2px; }

.compare{ display:grid; grid-template-columns:1fr 1fr; gap:16px; margin-top:8px; }
@media (max-width:700px){ .compare{ grid-template-columns:1fr; } }
.compare .card ul{ margin:8px 0 0; padding-left:18px; }
.compare .card li{ font-size:14px; color:var(--ink-dim); margin-bottom:6px; }

.disclaimer{
  background:var(--orange-dim); border:1px solid var(--orange);
  border-radius:10px; padding:14px 16px; font-size:13.5px; color:var(--ink-dim);
  margin-top:24px;
}
.disclaimer strong{ color:var(--orange); }

/* ---------- Buttons ---------- */
.btn{
  background:var(--blue); color:#06182A; border:none; border-radius:9px;
  padding:11px 18px; font-weight:600; font-size:14px; cursor:pointer; font-family:'Space Grotesk',sans-serif;
}
.btn:hover{ filter:brightness(1.06); }
.btn.ghost{ background:transparent; border:1px solid var(--line); color:var(--ink); }

/* ---------- Explorer / form inputs (reusable) ---------- */
.explorer{ background:var(--surface); border:1px solid var(--line); border-radius:var(--radius); padding:24px; }
.explorer-row{ display:flex; gap:10px; flex-wrap:wrap; }
.explorer input, .explorer textarea{
  flex:1 1 260px; background:var(--surface-2); border:1px solid var(--line); color:var(--ink);
  border-radius:9px; padding:11px 13px; font-family:'IBM Plex Mono',monospace; font-size:14px;
  resize:vertical;
}
.explorer input:focus, .explorer textarea:focus{ outline:2px solid var(--blue); outline-offset:1px; }
.result{ margin-top:18px; }
.result-empty{ color:var(--ink-faint); font-size:14px; margin-top:14px; }
.save-row{ display:flex; align-items:center; gap:8px; margin-top:10px; font-size:12.5px; color:var(--ink-faint); }

/* ---------- Footer ---------- */
footer{ padding:40px 0 80px; }
footer .wrap{ font-size:13px; color:var(--ink-faint); }
footer a{ color:var(--ink-dim); }

/* ---------- Chat FAB + drawer (reusable widget) ---------- */
.chat-fab{
  position:fixed; right:22px; bottom:22px; z-index:60;
  background:var(--blue); color:#06182A; border:none; border-radius:999px;
  padding:14px 20px; font-weight:600; font-size:14px; cursor:pointer;
  box-shadow:0 8px 24px rgba(86,180,233,0.28);
  display:flex; align-items:center; gap:8px;
  font-family:'Space Grotesk',sans-serif;
}
.chat-fab:hover{ filter:brightness(1.05); }

.drawer-overlay{
  position:fixed; inset:0; background:rgba(5,10,8,0.55); z-index:70;
  opacity:0; pointer-events:none; transition:opacity .25s ease;
}
.drawer-overlay.open{ opacity:1; pointer-events:auto; }

.drawer{
  position:fixed; top:0; right:0; height:100%; width:420px; max-width:100vw;
  background:var(--surface); border-left:1px solid var(--line);
  z-index:80; display:flex; flex-direction:column;
  transform:translateX(100%); transition:transform .3s ease;
}
.drawer.open{ transform:translateX(0); }
.drawer-head{
  padding:16px 18px; border-bottom:1px solid var(--line);
  display:flex; align-items:center; justify-content:space-between;
}
.drawer-head h3{ margin:0; font-size:15px; }
.drawer-head .sub{ font-size:12px; color:var(--ink-faint); margin-top:2px; }
.drawer-close{ background:none; border:none; color:var(--ink-dim); font-size:20px; cursor:pointer; line-height:1; }
.drawer-body{ flex:1; overflow-y:auto; padding:16px 18px; display:flex; flex-direction:column; gap:14px; }
.msg{ font-size:14.5px; line-height:1.55; }
.msg.user{ align-self:flex-end; background:var(--blue-deep); color:#EFFAFF; padding:10px 13px; border-radius:12px 12px 2px 12px; max-width:88%; }
.msg.assistant{ align-self:flex-start; color:var(--ink); padding:2px 0; max-width:100%; }
.msg.assistant .who{ font-size:11px; color:var(--blue); letter-spacing:0.06em; text-transform:uppercase; margin-bottom:4px; font-family:'Space Grotesk',sans-serif;}
.msg.assistant p{ color:var(--ink); font-size:14.5px; margin:0 0 10px; }
.msg.system-note{ align-self:center; font-size:12px; color:var(--ink-faint); font-style:italic; }
.typing{ display:flex; gap:4px; align-self:flex-start; padding:4px 0; }
.typing span{ width:6px; height:6px; border-radius:50%; background:var(--ink-faint); animation:blink 1.2s infinite ease-in-out; }
.typing span:nth-child(2){ animation-delay:.2s; }
.typing span:nth-child(3){ animation-delay:.4s; }
@keyframes blink{ 0%,80%,100%{opacity:.25;} 40%{opacity:1;} }

.drawer-suggest{ display:flex; flex-wrap:wrap; gap:6px; padding:0 18px 12px; }
.chip{
  font-size:12px; border:1px solid var(--line); color:var(--ink-dim); background:var(--surface-2);
  padding:6px 10px; border-radius:999px; cursor:pointer;
}
.chip:hover{ border-color:var(--blue-deep); color:var(--blue); }

.drawer-input{ border-top:1px solid var(--line); padding:12px 14px; display:flex; gap:8px; }
.drawer-input textarea{
  flex:1; resize:none; background:var(--surface-2); border:1px solid var(--line); color:var(--ink);
  border-radius:9px; padding:10px 12px; font-family:'Source Serif 4',serif; font-size:14px; max-height:100px;
}
.drawer-input textarea:focus{ outline:2px solid var(--blue); outline-offset:1px; }
.send-btn{
  background:var(--blue); color:#06182A; border:none; border-radius:9px; padding:0 16px;
  font-weight:600; cursor:pointer; font-family:'Space Grotesk',sans-serif;
}
.send-btn:disabled{ opacity:.5; cursor:not-allowed; }

@media (max-width:520px){
  .drawer{ width:100vw; }
}

/* ---------- Citations / references (reusable) ---------- */
.cite{
  font-family:'IBM Plex Mono', monospace; font-size:11px; color:var(--blue);
  text-decoration:none; padding:0 1px; vertical-align:super; line-height:0;
}
.cite:hover{ text-decoration:underline; }

#references{ scroll-margin-top:80px; }
.ref-list{ list-style:none; margin:0; padding:0; display:flex; flex-direction:column; gap:16px; }
.ref-item{
  display:flex; gap:14px; padding:14px 0; border-bottom:1px solid var(--line);
  scroll-margin-top:80px;
}
.ref-item:target{ background:var(--blue-dim); border-radius:8px; }
.ref-num{
  font-family:'IBM Plex Mono',monospace; font-size:13px; color:var(--blue-deep);
  min-width:28px; flex-shrink:0;
}
.ref-body h4{ margin:0 0 4px; font-size:14.5px; font-weight:600; color:var(--ink); }
.ref-body .ref-meta{ font-size:12.5px; color:var(--ink-faint); margin-bottom:6px; }
.ref-body .ref-meta a{ color:var(--ink-dim); word-break:break-all; }
.ref-quote{
  font-size:13px; color:var(--ink-dim); font-style:italic; border-left:2px solid var(--blue-deep);
  padding-left:10px; margin:6px 0 0;
}